Tako rzecze prorok.
„W Polsce na początku robiono po trzy próby, zanim stwierdzono wirusa i to przy pomocy testów RNA, czyli materiału biologicznego poddawanego analizie, co trwa kilka długich godzin. Teraz Polska kwalifikuje zakażonych tylko jedną próbą, o ile nie chodzi o przypadek szczególny, jak to miało miejsce z czterolatkiem, który trafił do szpitala w Zielonej Górze i miał zarazić cały personel. Pierwsza próba u dziecka było pozytywna, dwie kolejne negatywne. Co to pokazuje? Kiepską skuteczność najbardziej czułego testu, jaki jest dostępny.”
A na czym w rzeczywistości polega test genetyczny na obecność wirusa COVID-19?
Pominę dokładniejszy opis czynności prowadzących do uzyskania materiału do badania genetycznego. Z grubsza przebiega to tak. Z pobranej próbki izoluje się obiekty o gęstości zbliżonej do gęstości COVID-19. Dalej zakładając, że w tak spreparowanej próbce znajdują się wirusy (jakiekolwiek) izoluje się z tej próbki RNA. Jest to już proces bardziej złożony, ale gwarantujący, że cały RNA mogący być RNA wirusowym zostanie wyizolowany. W ostatnim etapie tego procesu przeprowadzana jest reakcja biochemiczna (odwrotna transkryptaza DNA), wyniku której powstaje DNA komplementarny do wszystkich łańcuchów RNA obecnych w próbce (tzw. cDNA – komplementarny DNA). Na tym etapie procesu nie można stwierdzić, czy próbka zawiera RNA COVID-19, a nawet czy w ogóle zawiera RNA.
Cały cDNA wirusa COVID-19 zawiera ok. 30 tys. elementów (nukleotydów), a ich porządek w łańcuchu (sekwencja) został już dokładnie poznany, upubliczniony i jest pewny, bo potwierdzony w kilku niezależnych laboratoriach na całym świecie. W całym DNA występują tylko 4 różne nukleotydy.
W tym momencie można by już przystąpić do sekwencjonowania cDNA obecnego w próbce, robiąc to tak długo, aż odnajdzie się łańcuchy o sekwencji nukleotydów zgodnej z wzorcem COVID-19. Niestety, nie jest to proces, który liczony byłby w dniach, raczej w tygodniach.
Na czym zatem polega „sztuczka” pozwalająca na sprawdzenie obecności w badanej próbce cDNA wirusa COVID-19 w kilka godzin? Pojedynczy element cNDA COVID-19 ma wymiary 0,01 x 0,000001 mm. Nie ma żadnej możliwości aby stwierdzić obecność takiego elementu w próbce, o ile nie będzie go tam w ilości co najmniej kilkudziesięciu milionów i każdy nie będzie oznaczony (np. fluorescencyjnie). W próbkach pobieranych od pacjenta takiej ilości cDNA nie ma, zatem konieczne jest powielenie cDNA obecnego w próbce. To samo jest konieczne jako wstęp do pełnego sekwencjonowania cDNA próbki. Analiza sekwencji RNA wirusów zakażających drogi oddechowe człowieka doprowadziła do wyznaczenia 3 krótkich fragmentów, które obecne są tylko w RNA COVID-19. Zatem wystarczy powielać tylko 3 krótkie fragmenty cDNA próbki co będzie procesem co najmniej kilkunastokrotnie krótszym niż powielanie całego cDNA. Odbywa się to w ten sposób, że powielanie odbywa się w obecności dostarczonych przez producenta zestawu testowego odczynników gwarantujących, że powielane będą takie fragmenty cDNA, które zakończone są precyzyjnie określonymi krótkimi sekwencjami nukleotydowymi. Skrócenie etapu powielania cDNA spowodowane jest nie tylko tym, ze powiela się krótsze fragmenty, ale i tym, że powielane są fragmenty tylko tych łańcuchów cDNA obecnych w próbce, które zawierają sekwencje odpowiadające zastosowanym odczynnikom. Pomija się też sekwencjonowanie tak powielonych fragmentów cDNA. Ponieważ znane są szukane sekwencje cDNA to zestaw odczynników testowych zawiera „sondy”, które w istocie są oznaczonymi fluorescencyjnie fragmentami DNA komplementarnymi do szukanych sekwencji i „przyklejającymi” do szukanych fragmentów. Przy czym „świecą” tylko gdy są „przyklejone” do cDNA. Reakcje powielania i sondowania fragmentów cDNA prowadzić trzeba oddzielnie dla każdego testowanego fragmentu cDNA, co oznacza, że maszyna testująca (wykonująca test metodą Real Time PCR) prowadzi w jednym czasie trzy niezależne reakcje na próbce podzielonej na trzy części. Tylko w przypadku uzyskania potwierdzenie obecności szukanego fragmentu cDNA COVID-19 odpowiednio we wszystkich trzech prowadzonych reakcjach, uznaje się pozytywny wynik testu. Tak jest teraz i zawsze było w Polsce i na całym świecie. Jedna próbka, trzy reakcje. Jak się to ma do pierwszej części objawienia każdy może sobie ocenić.
Co do objawienia „związanego z czterolatkiem” wystarczy stwierdzić tyle, że nie ulega najmniejszej wątpliwości, że gdy personel szpitala po intensywnym i długotrwałym kontakcie z tym dzieckiem, uzyskał od jego opiekunki informację, że mógł mieć on kontakt z osobą zarażoną COVID-19, to natychmiast przeprowadził szybki test na obecność przeciwciał wirusa COVID-19. Test taki jest niepewny, przy czym zdecydowanie większa jest niepewność wyniku pozytywnego. W przypadku ujemnego wyniku takiego testu, można by się wstrzymać z procedurami izolacyjnymi wobec osób narażonych z kontaktu z tym dzieckiem. To, że przeprowadzony test genetyczny nie potwierdził pozytywnego wyniku testu na obecność przeciwciał COVID-19, nie upoważnia do żadnych wniosków co do jakości testów genetycznych stosowanych w Polsce.
Wobec powyższego nie widzę potrzeby formułowania oceny objawienia o „Kiepskiej skuteczność najbardziej czułego testu, jaki jest dostępny.”
Piszę jak jest.
Inne tematy w dziale Społeczeństwo
