Maszyny molekularne i różne inne pojęcia

https://slawekp7.wordpress.com/2014/04/18/kinezyny-molekularne-ciezarowki-oraz-o-tym-jakimi-metodami-posluguja-sie-wyznawcy-neodarwinizmu-aby-tlumic-w-ludziach-zdroworozsadkowe-przekonanie-o-inteligentnym-projekcie-zywej-komorki/

https://pl.wikipedia.org/wiki/Urz%C4%85dzenie

https://slawekp7.wordpress.com/2021/07/28/10108/

https://pl.wikipedia.org/wiki/Falsyfikacja

https://pl.pinterest.com/pin/565905509424916222/

https://www.eurekalert.org/news-releases/728197

https://slawekp7.wordpress.com/2017/10/20/australopiteki-i-wspolczesne-malpy-nie-posiadaja-stawu-siodelkowego-kciuka-takiego-jak-h-sapiens-to-cecha-typowo-ludzka/

https://slawekp7.wordpress.com/2013/08/02/1775/

https://www.totylkoteoria.pl/2020/11/en-arche-inteligentny-projekt-ewolucja.html

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/convergent-evolution

”Ewolucja zbieżna odnosi się do ewolucji w różnych rodach struktur, które są podobne lub „analogiczne”, ale nie można tego przypisać istnieniu wspólnego przodka; innymi słowy, fakt, że struktury są analogiczne, nie odzwierciedla homologii. Podobieństwo może leżeć na poziomie fenotypowym, w którym to przypadku linie mają tę samą jawną cechę, ale podstawowe sekwencje DNA są różne.

Ewolucja zbieżna zachodzi, gdy gatunki zajmują podobne nisze ekologiczne i adaptują się w podobny sposób w odpowiedzi na podobne presje selekcyjne. Cechy, które powstają w wyniku zbieżnej ewolucjisą określane jako „struktury analogiczne”. Kontrastowane są ze „strukturami homologicznymi”, które mają wspólne pochodzenie. Przeciwieństwem ewolucji konwergentnej jest ewolucja rozbieżna, w której spokrewnione gatunki rozwijają różne cechy. Dobrze udokumentowane przypadki zbieżnej ewolucji podobnych sekwencji DNA nie są liczne; takie przypadki są zwykle ograniczone do kilku aminokwasów.

Ewolucja zbieżna może wprowadzać w błąd biologów zajmujących się filogenezą, ponieważ naśladuje wspólne pochodzenie. Standardowe metody filogenetyczne nie są przystosowane do rozróżnienia między nimi. Kiedy ewolucja zbieżna jest mylona z homologią, powstaje drzewo filogenetyczne, które ma zafałszowany wygląd, to znaczy gatunki wydają się pochodzić od wspólnego przodka, podczas gdy w rzeczywistości tak nie jest.”

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5803587/

„Worki powietrzne są ważnym elementem ptasiego układu oddechowego i ważne podczas ewolucji gigantyzmu zauropodów. Jak dotąd wnioskowanie o obecności tych struktur w skamielinach ograniczało się do kości zachowujących wewnętrzne jamy pneumatyczne i otwory umożliwiające dostarczeanie powietrza. Przedstawiamy tu histologiczne korelaty kości dla możliwości wnioskowania o występowaniu worków powietrznych, jako nowe potencjalne narzędzie umożliwiające identyfikację tych elementów układu oddechowego. Analizy kilku próbek ptasich (teropodów) i nieptasich (np. zauropodów)dinozaurów wykazały delikatne włókna we wtórnej kości beleczkowatej i wtórnej kości śródkostnej, które w pierwszym przypadku (ptaków) są dobrze poznane. W drugim przypadku (nieptasich dinozaurów) również występują (….) Pneumatyzowane kości kilku taksonów innych niż dinozaury nie wykazują tego rodzaju cech. Nasze nowe podejście oparte na histologii może być pomocne w rekonstrukcji pochodzenia worków powietrznych u dinozaurów, a tym samym pomóc w zrozumieniu tej niezwykłej innowacji ewolucyjnej układu oddechowego. (…..) Otwory pneumatyczne jako punkty wejścia wraz z zagłębieniami w kościach (pleurocoele) pozwalają nam wnioskować o występowaniu tych struktur u wymarłych czworonogów. Przypuszcza się, że współcześnie właściwe jedynie ptakom worki powietrzne były obecne u zauropodów i nieptasich teropodów, a także oczywiście u wszystkich [wymarłych] ptaków „

https://ucmp.berkeley.edu/science/profiles/wedel_0609.php

https://www.researchgate.net/figure/Hypothetical-reconstruction-of-the-respiratory-system-of-a-diplodocid-sauropod-The_fig8_252505176

https://slawekp7.wordpress.com/2021/09/08/w-biologii-slowo-ewolucja-ma-rozne-znaczenia-o-nielosowej-ewolucji-zmiennosci-w-ramach-normy-reakcji-na-srodowisko-adaptacyjne-mutacje-synonimiczne-funkcjonalne-pseudogeny-konwergencja/

https://cienciaes.com/quilociencia/2011/07/26/-el-fin-de-un-dogma/

https://slawekp7.wordpress.com/2019/05/22/system-sekrecji-typu-iv-zdumiewajaca-i-nieredukowalnie-zlozona-maszyna-molekularna/

https://www.researchgate.net/figure/Structure-of-the-cell-membrane_fig1_329187565

https://pl.khanacademy.org/science/ap-biology/cellular-energetics/cellular-respiration-ap/a/oxidative-phosphorylation-etc https://pdb101.rcsb.org/motm/144

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/spor-o-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/07/28/10108/

Autorzy artykułu w wikipedii bardzo się starali utopić istotę konsekwencji dla neodarwinizmu – fakt powszechnego występowania nieredukowalnej złożoności w biologii molekularnej i w efekcie wyszedł im niezły bełkot. To mieszanie genetyki populacyjnej z ewolucjonizmem molekularnym przypomina mieszanie wody z olejem. Dlatego też bardzo łatwo można odcedzić istotę problemu ukrywaną w słowotoku, zaprawionym różnymi sztuczkami retorycznymi, jaką jest fakt istnienia nieredukowalnej złożoności systemów biochemicznych. Jak zwał, tak zwał: nieredukowalna złożoność, czy silna negatywna epistaza, zawsze negatywna dla tendencyjnych „wyjaśnień” od których w tekście się roi oraz dla możliwości stopniowej ewolucji złożonych z wielu nierozerwalnie zintegrowanych i dopasowanych części maszyn molekularnych ?

https://en.wikipedia.org/wiki/Epistasis

[....]

TŁUMACZENIE

https://pl.wikipedia.org/wiki/Redundancja

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/spor-o-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi/

FUNKCJA

OPIS FUNKCJI

PRÓBY WYJAŚNIENIA GENEZY (POCHODZENIA) FUNKCJI - HIPOTEZA NEODARWINOWSKA

https://www.researchgate.net/publication/242594653_Evolution_in_Brownian_space_a_model_for_the_origin_of_the_bacterial_flagellum

PRÓBY WYJAŚNIENIA GENEZY (POCHODZENIA) FUNKCJI - WERYFIKACJA HIPOTEZY NEODARWINOWSKIEJ

https://els-jbs-prod-cdn.jbs.elsevierhealth.com/cms/attachment/291baa16-0d74-40a1-b11e-4ee6ed1d64b6/gr3_lrg.jpg

[....]

FUNKCJA I OPIS FUNKCJI

https://slawekp7.wordpress.com/2021/05/22/1wyrafinowane-dopasowania-komplementarne-w-biologii-i-nieuzyteczny-zlom-w-kontekscie-krytyki-pseudonaukowej-opowiesci-o-procesie-duplikacji-genow-i-powstawaniu-z-dodatkowych-kopii-to-znaczy-odpado/

https://pl.wikipedia.org/wiki/Syntaza_ATP

PRÓBY WYJAŚNIENIA GENEZY (POCHODZENIA) FUNKCJI - HIPOTEZA NEODARWINOWSKA

https://pl.wikipedia.org/wiki/Syntaza_ATP#Ewolucja

PRÓBY WYJAŚNIENIA GENEZY (POCHODZENIA) FUNKCJI - WERYFIKACJA HIPOTEZY NEODARWINOWSKIEJ (JEDEN PRZYKŁADÓW)

FUNKCJA

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/spor-o-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi/

PRÓBY WYJAŚNIENIA GENEZY NA GRUNCIE NOWOCZESNEGO NEODARWINIZMU

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/spor-o-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi/

FALSYFIKACJA MODELU NEODARWINOWSKIEGO

https://blog.emergingscholars.org/wp-content/uploads/2014/03/Evolution-of-Clotting-System.png

http://www.hydro.biol.uw.edu.pl/sites/default/files/pliki/Wsp%C3%B3%C5%82czesnePogl%C4%85dyEwolucja.pdf

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/spor-o-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi/

Spór o nieredukowalną złożoność kaskady krzepnięcia krwi

https://slawekp7.wordpress.com/2019/05/22/system-sekrecji-typu-iv-zdumiewajaca-i-nieredukowalnie-zlozona-maszyna-molekularna/

https://els-jbs-prod-cdn.jbs.elsevierhealth.com/cms/attachment/84def5e7-8b25-47c4-a0cb-3f958786cd60/gr1_lrg.jpg

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/18/ktore-obrazki-pomagaja-lepiej-zrozumiec-argumentacje-allena-orra-i-michaela-behego/

Końcowy system (4) wygląda na nieredukowalnie złożony, ponieważ nie można z niego usunąć żadnego z elementów (A, B, C, D) bez przerwania cyklu i utraty funkcji. Jednak na każdym kroku dodawaliśmy, lub usuwaliśmy tylko jeden element. Pokazuje to również znaczenie redundancji w systemach biologicznych. Jeśli usuniesz C lub D z systemu (3), to nadal działa.

[….]Jeśli mamy system, w którym A zależy od B i C, B zależy od A i C, a C zależy od A i B, to moglibyśmy dodać D, który zależy od A, ale nie możemy sprawić, by A także zależało od D. A może włączyć D do swojej funkcjonalności, ale nie zależy od tego. D może zostać usunięty, a A nadal będzie działać. „

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/09/abiogeneza-najpierw-rna-najpierw-metabolizm-czy-najpierw-bialka/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/spor-o-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/09/abiogeneza-najpierw-rna-najpierw-metabolizm-czy-najpierw-bialka/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/06/05/nielosowe-mutacje-w-goracych-miejscach-mutacyjnych-mechanizmy-epigenetyczne-ewolucja-w-super-tempie-o-nowej-syntezie-ewolucyjnej/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

http://genomics-pubs.princeton.edu/insect_genomics/home.shtml

https://slawekp7.wordpress.com/2019/05/22/system-sekrecji-typu-iv-zdumiewajaca-i-nieredukowalnie-zlozona-maszyna-molekularna/

https://pl.wikipedia.org/wiki/Osoba#Osoba_a_%C5%9Bwiadomo%C5%9B%C4%87

https://encyklopedia.pwn.pl/haslo/deizm;3891384.html

https://pl.wikipedia.org/wiki/Czynnik

https://pl.wikipedia.org/wiki/Czynnik_ludzki

https://pl.wikipedia.org/wiki/Ewolucja_molekularna

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/spor-o-nieredukowalna-zlozonosc-kaskady-krzepniecia-krwi/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://slawekp7.wordpress.com/2019/03/19/helikazy-dna-u-bakterii-archeonow-i-eukariotow-sa-niehomologiczne/

https://slawekp7.wordpress.com/2012/12/01/czy-ssacze-ucho-moglo-powstac-z-elementow-gadziej-szczeki/

http://www.sciguru.org/newsitem/18946/eardrum-evolved-independently-mammals-reptiles-and-birds

https://wp-projektu.pl/artykuly/przeklady/darwin-w-lukach-wiedzy-recenzja-ksiazki-jezyk-boga-kod-zycia-nauka-potwierdza-wiare-francisa-s-collinsa-czesc-2/

https://slawekp7.wordpress.com/2012/01/14/drzewo-ewolucyjne-sciete/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/03/czy-istnieja-naukowe-dowody-na-ewolucje-waleni-od-zwierzat-ladowych-czy-istnieja-fakty-potwierdzajace-istnienie-nowego-drzewa-filogenetycznego-ptakow/

https://slawekp7.wordpress.com/2019/02/02/skad-sie-wzial-transport-pecherzykowy-w-chloroplastach-niektorych-roslin-skoro-nie-ma-go-u-bakterii-i-nie-bylo-u-wspolnego-przodka-wszystkich-glonow-i-roslin/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/06/bardzo-stronniczy-poglad-na-paleoantropologie-podsumowanie/

https://slawekp7.wordpress.com/2012/12/01/czy-ssacze-ucho-moglo-powstac-z-elementow-gadziej-szczeki/

http://invertebrates.uni.lodz.pl/wp-content/uploads/lista%20ksiazek.pdf

http://www.pl.euhou.net/index.php/wiczenia-mainmenu-13/mierzymy-otaczajcy-nas-wiat-mainmenu-139/162-to-si-naprawd-krci-prosty-model-silnika-elektrycznego

http://www.postepybiochemii.pl/pdf/3_2012/344-352.pdf

http://www.deltami.edu.pl/temat/fizyka/e_i_m/2011/12/31/Najprostszy_silnik_elektryczny/

http://www.pl.euhou.net/index.php/wiczenia-mainmenu-13/mierzymy-otaczajcy-nas-wiat-mainmenu-139/162-to-si-naprawd-krci-prosty-model-silnika-elektrycznego

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://www.elmetor.pl/budowa-silnika-elektrycznego.htm

https://pl.wikipedia.org/wiki/Urz%C4%85dzenie

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/09/abiogeneza-najpierw-rna-najpierw-metabolizm-czy-najpierw-bialka/

https://pl.wikipedia.org/wiki/Podstawy_konstrukcji_maszyn

https://pl.wikipedia.org/wiki/Technika

https://pl.wikipedia.org/wiki/Technologia

https://pl.wikipedia.org/wiki/Motor_molekularny

https://enarche.pl/o-teorii-inteligentnego-projektu-raz-jeszcze/

https://enarche.pl/teoria-inteligentnego-projektu/

Na jakiej zasadzie powstają adaptacje – na poziomie populacji, czy jednostki?

https://www.jstor.org/stable/10.1086/508960

„Przytoczono dwa mocne argumenty przemawiające za twierdzeniem, że żaden proces selekcji naturalnej nie może odgrywać roli w wyjaśnianiu genezy mechanizmów odpowiedzialnych za adaptację.

Zgodnie z pierwszym argumentem selekcja jest siłą negatywną; może wyjaśniać przyczynę wyeliminowania przez nią konkretnych osobników, ale nie wyjaśni, dlaczego te, które przeżyły (lub ich potomstwo) mają takie cechy, jakie mają (mawia się jedynie, że taka a taka cecha powstała, bo pojawiły się odpowiednie mutacje i presja selekcyjna. Albo, że nie powstała, bo nie pojawiły sie potrzebne mutacje albo odpowiednia preesja selekcyjna).

Drugi argument wskazuje, że explanandum (model opisujący zjawisko w celu wyjaśnienia przyczyn ) i explanans (zbiór faktów mających wyjaśniać istotę zjawiska)są pojęciami na różnych poziomach argumetacji: dobór naturalny jest zjawiskiem działającym na poziomie populacji, podczas gdy adaptacja zachodzi na poziomie indywidualnym.

Tak więc doborem naturalnym można wyjaśnić, dlaczego osobniki w określonej populacji mają określoną cechę, ale nie może wyjaśnić w jaki sposób cecha ta powstała u tej jednostki, zanim sie rozprzestrzeniła i opanowała populację.”

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/21/od-gasienicy-do-motyla-cudowny-proces-holometabolii/

https://slawekp7.wordpress.com/2012/04/05/czy-byla-mozliwa-ewolucja-przeobrazenia-zupelnego-holometabolii-u-owadow/

http://nerdist.com/this-is-not-a-snake-its-some-of-the-best-mimicry-weve-ever-seen/

TUTAJ jest cały artykuł:

https://slawekp7.files.wordpress.com/2017/05/homochromia-i-inne-wyrafinowane-przykc582ady-mimetyzmu.pdf

https://arctic.au.dk/news-and-events/news/show/artikel/from-brown-to-white-evolution-of-the-polar-bear/

„Niedźwiedź polarny wyewoluował od niedźwiedzia brunatnego, zmieniając kolor futra na biały – idealny do wtapiania się w pokryte śniegiem i lodem środowisko. Dzięki nowym danym międzynarodowy zespół badawczy dowodzi, że oddzielenie niedźwiedzia polarnego od brunatnego przebiegało bardzo szybko.

„Porównaliśmy geny niedźwiedzi brunatnych i polarnych i byliśmy zaskoczeni. Przede wszystkim niedźwiedź polarny jako podgatunek ma mniej niż 480 000 lat. Jest więc znacznie młodsza niż wcześniej sądzono” – mówi profesor Rune Dietz z Centrum Badań Arktycznych, Wydział Nauk Biologicznych Uniwersytetu w Aarhus.

Naukowcy są przekonani, że niedźwiedź brunatny migrował na północ podczas cieplejszego okresu klimatycznego, a gdy później nastał okres chłodu, grupa niedźwiedzi brunatnych prawdopodobnie została odizolowana i dlatego zwierzęta zostały zmuszone do szybkiego przystosowania się do nowych warunków.

Naukowcy pokazują również, że niedźwiedź polarny rozwinął zdolności do życia w Arktyce w ciągu zaledwie kilkuset tysięcy lat – a to bardzo szybka ewolucja.

(Impulsy ze środowiska), zmiany w genach (w ilościach kopii danego genu i wzorach ekspresji genów aktywowanych w odpowiedzi na nowe wyzwania otoczenia) i (być może) działania (w jakimś zakresie) doboru naturalny nie tylko doprowadziły do zmiany ubawienia sierści niedźwiedzia polarnego na biały kolor, ale dostosowały do nowej diety. Za te adaptacje odpowiadają zmiany w genach regulujących transport tłuszczu we krwi i rozkład tkanki tłuszczowej w organizmie.

Kiedy naukowcy porównują zestaw genów niedźwiedzi polarnych z ludzkimi, wyraźnie widoczne są zmiany w genie apoB. Jest to gen, który u ssaków koduje najważniejsze białko w LDL (lipoproteina o niskiej gęstości), powszechnie znane jako „zły” cholesterol.

Jest to bardzo ważna adaptacja do życia w rejonach Arktyki, gdzie niedźwiedzie polarne głównie żywią się mięsem bogatym w tłuszcz pozyskiwanym z upolowanych ssaków morskich, przystosowanych do życia w ekstremalnie niskich temperaturach.

Dieta niedźwiedzi polarnych jest zdominowana przez tłuszcze, jednak w ich tętnicach nie ma złogów (blaszki miażdżycowej), dzięki czemu unikają one chorób sercowo-naczyniowych.

„Zmiany w tym genie mogą decydować o tym, że niedźwiedź polarny radzi sobie z wysokimi stężeniami tłuszczu, cholesterolu i cukru we krwi” – wyjaśnia profesor i lekarz weterynarii Christian Sonne z Centrum Badań Arktycznych, Wydziału Bioscience, Uniwersytet w Aarhus.”

Link kieruje do oryginalnej pracy:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6613075/

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1558-5646.2010.01041.x

„Z kilku ostatnich badań wynika, że wyjątki od uznanego za regułę prawa Dollo są częstsze niż dotychczas sądzono. Jeżeli te twierdzenia są prawdziwe, zmieniłoby to nasz pogląd na rolę ograniczeń rozwojowych planów ciała w ewolucji. Wyniki jednego z badań uczą, że nastąpiła reewolucja utraconych palców u jaszczurek z rodzaju Bachia. Oceniamy to twierdzenie.

Wnioskujemy, że zaproponowane molekularne drzewo filogenetyczne jest sprzeczne z mechanizmami ewolucyjnymi dotyczącymi biogeografii jaszczurek oraz z filogeniami opartymi na morfologii. Ponowna analiza danych molekularnych nie potwierdza topologii opublikowanego drzewa filogenetycznego tych gadów. Co więcej, dwa luźne założenia traktujemy jako nadinterpretacje, mianowicie że liczby palców są stałe i że polidaktylia ewoluuje niezależnie od innych parametrów morfologicznych.

Dochodzimy do wniosku, że nie ma przekonującego poparcia dla reewolucji liczby palców u Bachii. Omawiamy nasze ustalenia w świetle aktualnych dowodów na odwrócenie utraty cech złożonych. Dochodzimy do wniosku, że u metazoanów wyjątki od prawa Dollo znajdują się głównie wśród cech merystycznych, które powstają stosunkowo późno podczas embriogenezy. Kiedy systemy rozwojowe są bardziej skompartmentalizowane.

Wreszcie nasze badanie pokazuje, że analizy filogenetyczne powinny obejmować mechanizmy ewolucyjne, w tym ograniczenia, zmienność i selekcję. Nie tylko w celu prawidłowej rekonstrukcji filogenetycznej, ale także w celu prawidłowego wnioskowania ewolucyjnego.”

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12638717/

„Neodarwiniści od dawna utrzymują, że przypadkowe mutacje wywołują różnice genetyczne między osobnikami, a dobór zwiększa częstość występowania korzystnych alleli [korzystnie zmutowanych – np. na drodze selekcyjnego wymiatania].

W 1988 r. Cairns [i inni] twierdził, że odpowiednia presja środowiskowa może powodować pojawianie się korzystnych mutacji w określonych genach [w gorących miejscach mutacyjnych], aby złagodzić aby złagodzić nacisk tej konkretnej presji [nabyć cechy adaptacyjne].

Pojęcie ukierunkowanej [przez mechanizmy organiczne, nielosowej] mutagenezy, jak twierdzi Cairns, zostało prawie całkowicie wykorzenione z myśli biologów ewolucyjnych [teoretycznych].

W artykule podano w wĄtpliwość trzy neodarwinowskie zasady:

(1) mutacje występują niezależnie od środowiska,

(2) mutacje są spowodowane błędami replikacji oraz

(3) tempo mutacji jest stałe.

W tej mini-recenzji analizujemy historię kontrowersji i dekadę badań nad tymi zjawiskami, aby umieścić ją w kontekście ewolucyjnym. Opisano kilka mechanizmów i modeli komórkowych, które wyjaśniają zwiększoną różnorodność genetyczną w populacjach doświadczających niekorzystnej presji środowiskowej.

W większości przypadków jest jasne, że zwiększona różnorodność genetyczna jest spowodowana rozpadem maszynerii komórkowej, lub alleli wyewoluowanych w celu innym niż zwiększenie różnorodności genetycznej, a nie z systemami komórkowymi, które zostały ewolucyjnie wybrane w celu zwiększenia różnorodności genetycznej w czasie stresu.”

https://www.nature.com/articles/s41467-019-09235-5

„Częstość mutacji i efektywny rozmiar populacji pozwalają zrozumieć przyczyny wewnątrzgatunkowych różnic genetycznych (polimorfizmów), niemniej rola tempa mutacji jest często ignorowana.
W tym artykule opisujemy wyniki badań badamy nad różnorodnością genetyczną Spirodela polyrhiza przy mierzeniu tempa pojawiania się spontanicznych [losowych] mutacji.
Pomimo populacji zawierającej dużą liczbę osobników, zsekwencjonowano genomy 60 osobników pozyskanych na całym świecie, ujawniono niezwykle niską wewnątrzgatunkową różnorodność genetyczną.

W warunkach naturalnych częstotliwość pojawiania się mutacji spontanicznych [losowych] jest co najmniej siedem razy niższa niż w porównaniu do innych zbadanych organizmów eukariotycznych.
Badanie pokazuje, że odpowiednia presja ąrodowoiska może utrzymać częstotliwość mutacji na bardzo niskim poziomie. Badanie to podkreśla również, że dokładne oszacowanie tempa mutacji może pomóc w wyjaśnieniu pozornie nieoczekiwanych wzorców zmienności w całym genomie.”

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1462-2920.14822

Nieprawidłowości w zmienności genetycznej i w tempie mutacji w odpowiedzi na stres środowiska

„Pojawienie się nowych mutacji [błędów, zmian – zależy czy mutację traktujemy, jako losową lub nielosową] jest zdeterminowane balansem między powstawaniem i naprawą błędów podczas i po replikacji DNA u bakterii takich jak Escherichia coli .

Uważa się, że stresy wywołane przez środowoisko [różnice w zasobach pożywienia, inne pożywienie niż dotychczas, trucizny] przesuwają tę równowagę w kierunku zwiększonej mutagenezy.

Jednak ostatnie odkrycia sugerują bardzo nierówny związek między stresem a mutacjami. Tylko pewien podzbiór stresujących środowisk zwiększa wskaźnik mutacji netto, a różne formy stresu żywieniowego (takie jak ograniczenia tlenu, węgla lub fosforu) powodują znacząco różne wskaźniki mutacji po podobnym spadku tempa wzrostu.

Co więcej, różne stresy skutkują zmienionymi widmami mutacyjnymi, przy czym niektóre zwiększają transpozycję, a inne zwiększają tworzenie indel.

W przypadku niektórych rodzajów stresów współczynniki substytucji pojedynczych zasad są niższe niż w przypadku bakterii nie poddanych stresowi.

Wiele pozostaje do odkrycia na temat przyczyn istnienia określonych, unikalnych wzorów [sygnatur] mutacyjnych właściwych organizmom zasiedlającym dane środowiska.

Poza kwestią zmienności genetycznej wywołanej stresem, podstawowym nierozwiązanym problemem w relacji stres-mutacja jest wartość adaptacyjna różnych typów mutacji i tempo mutacji.

Czy np. dany typ mutacji, czy transpozycji jest korzystniejszy w warunkach beztlenowych czy tlenowych? Pozostaje zbadać, czy zmienność genetyczna specyficzna dla stresu wpływa na ewolucję w zróżnicowany sposób w różnych środowiskach.

Należy też zbadać, czy zmienność genetyczna specyficzna dla stresu wpływa na ewolucję w zróżnicowany sposób – w różnych środowiskach. „

https://slawekp7.wordpress.com/2021/06/05/nielosowe-mutacje-w-goracych-miejscach-mutacyjnych-mechanizmy-epigenetyczne-ewolucja-w-super-tempie-o-nowej-syntezie-ewolucyjnej/

„Genomika porównawcza i biologia systemowa oferują niespotykane możliwości testowania głównych zasad biologii ewolucyjnej sformułowanych przez Darwina w O powstawaniu gatunków w 1859 roku i rozszerzonych sto lat później w ramach Nowoczesnej Syntezy. Badania w dziedzinie genomiki ewolucyjnej pokazują, że dobór naturalny stanowi tylko jedną z sił kształtujących ewolucję genomu i wcale nie występującą najczęściej, natomiast procesy nieadaptacyjne mają znacznie większe znaczenie niż wcześniej przypuszczano. Duży wkład horyzontalnego transferu genów i różnych samolubnych elementów genetycznych w ewolucję genomu podważa koncepcję drzewa życia. Adekwatny opis ewolucji wymaga bardziej złożonej koncepcji sieci lub „lasu” życia.

Nie istnieje spójny trend ewolucji w kierunku większej złożoności genomowej, a kiedy złożoność wzrasta, wydaje się, że jest to raczej nieadaptacyjna konsekwencja ewolucji drogą słabego doboru oczyszczającego niż adaptacji. Odkryto rozmaite powszechniki ewolucji genomu, w tym niezmiennicze rozkłady tempa ewolucji pośród genów ortologowych z różnych genomów oraz rozmiarów rodzin genów paralogowych. Dostrzeżono też negatywną korelację między poziomem ekspresji genów a tempem ewolucji sekwencji. Niektóre z tych powszechników uzyskują wyjaśnienie dzięki zastosowaniu prostych, nieadaptacjonistycznych modeli ewolucji, co sugeruje, że w dość nieodległej przyszłości powstać może nowa synteza biologii ewolucyjnej.”

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://obserwatorlaicki.files.wordpress.com/2009/12/richard-dawkins-slepy-zegarmistrz-skan1.pdf

https://slawekp7.wordpress.com/2021/08/31/wazny-merytoryczny-wstep-metodologiczny/

https://www.igib.uw.edu.pl/files/9615/1188/7328/wyklad7_CAL17.pdf

https://slawekp7.wordpress.com/2014/12/26/genom-minimalny/

https://slawekp7.wordpress.com/2019/06/03/abiogeneza-nowoczesne-samorodztwo-wielki-mit-przelomow-19-20-i-21-wieku/

https://slawekp7.wordpress.com/2019/03/25/niesamowite-wszechstronne-przyjazne-ekologii-wlasciwosci-owczej-welny/

https://slawekp7.wordpress.com/2018/11/13/zieby-darwina-jeden-gatunek-czy-wiele/

https://pl.wikipedia.org/wiki/Teistyczny_ewolucjonizm

PROJEKT

PROJEKTANT

Historia badań fosforylacji fotosyntetycznej

https://www.wikiwand.com/pl/Fosforylacja_fotosyntetyczna

Wyobraźmy sobie następujący scenariusz:

(1) Jakiś człowiek okradł sklep.

(2) Policja ujęła podejrzanego Kowalskiego.

(3) Policja chcąc podejrzanemu udowodnić włamanie do sklepu zbadała znalezione na papierosie, zabezpieczonym na miejscu przestępstwa, ślady DNA i porównała je z pobranym od niego materiałem biologicznym.

(4) Policja ustaliła, że DNA należy do Kowalskiego.

(5) Był też dodatkowo widziany przez jakiegoś człowieka, świadka zdarzenia.

(6) Proces dowodowy został przeprowadzony i zaczął się przewód sądowy.

(7)Teraz oskarżony będzie składał wyjaśnienia

(8) Oskarżony Kowalski twierdzi, że niedopałek papierosa, który znaleziono przy miejscu zdarzenia, znalazł się tam dlatego, że albo zawiał go tam wiatr z drugiej strony ulicy, albo ktoś podniósł niedopałek i palił idąc w stronę miejsca zdarzenia i następnie rzucił w jego pobliżu. Innymi słowy twierdzi, że on tam niedopałka nie zostawił. Jeżeli chodzi o rozpoznanie przez świadka zdarzenia, to podejrzany przyjmuje następującą linię obrony: „to musiał być ktoś podobny do mnie i jego widział świadek zdarzenia” .

(9) Teraz Sąd po udaniu się na naradę ma do dyspozycji dwie hipotezy. Jedna to wersja wynikająca z założenia. Sąd założył, że dostępny materiał dowodowy wskazuje na to, że to Kowalski okradł sklep. Druga jest oparta na wersji oskarżonego Kowalskiego.

(10) Sąd waży dowody i uznaje pierwszą hipotezę za bardziej prawdopodobną, przy czym wyjaśnia (tłumaczy) dlaczego przyjął taką opcję. Przyjął taką opcję, ponieważ jest nieprawdopodobne, żeby na miejscu zdarzenia równocześnie znaleziono niedopałek papierosa z DNA podejrzanego i równocześnie pojawił się tam ktoś, kto wygląda i był ubrany jak podejrzany, w chwili zatrzymania. Kowalski został rozpoznany na okazaniu, gdzie był postawiony w grupie podobnych osób. W całkiem analogiczny sposób argumentuje się na rzecz teorii inteligentnego projektu w przyrodzie. Odkrywa się jakieś system biologiczny i porównuje z podobnymi zaawansowanymi technicznie urządzeniami, które mogą być tylko wytworem ludzkiej inteligencji. Później poddaje się te ustalenia dodatkowemu testowi i po wyeliminowaniu wszelkich możliwych wyjaśnień alternatywnych uznaje się taki biologiczny obiekt za inteligentnie zaprojektowany. Do eliminacji alternatywnych wyjaśniań służy neodarwinowski program badawczy. Przeprowadza się liczne eksperymenty myślowe i usiłuje stworzyć możliwy model teoretyczny ewolucji badanego procesu. Jeżeli się nie da odtworzyć teoretycznej historii ewolucyjnej takiego procesu, to przy obecnym stanie wiedzy, z całą pewnością możemy twierdzić, że taki obiekt został inteligentnie zaprojektowany. Nauka bazuje na tym, co aktualnie wiemy, a nie na tym czego być może dowiemy się w przyszłości.
https://pl.wikipedia.org/wiki/Logika_odkrycia_naukowego
Wywiad z biochemikiem W ROKU 1996 profesor Michael J. Behe, obecnie wykładający biochemię na Uniwersytecie Lehigh w stanie Pensylwania, wydał książkę Darwin’s Black Box, The Biochemical Challenge to Evolution (Czarna skrzynka Darwina, biochemiczne wyzwanie dla ewolucji). W ciągu ostatnich dziesięciu lat ewolucjoniści starali się podważyć zawarte w niej argumenty. Ponieważ autor jest katolikiem, oskarżano go o to, że przekonania religijne zaciemniły jego osąd naukowy. Niektórzy twierdzą, że argumentacja profesora wręcz kłóci się z nauką.
W przedmowie do wydania wydrukowanego w setną rocznicę pierwszego opublikowania dzieła Darwina O powstawaniu gatunków, D’Arcy Thompson napisał:
“Jeżeli po przeanalizowaniu argumentów okazuje się, że nie sposób ich obronić, to powinno się je odrzucić, a całkowitą zmianę zapatrywań na podstawie wątpliwych dowodów należy uznać za godną ubolewania (…) Fakty oraz interpretacje, na których opierał się Darwin, dziś już nie przekonują. Długoletnie badania nad dziedzicznością i odmianami, podkopały jego naukę (…..) Długotrwałym i pożałowania godnym następstwem sukcesu dzieła O powstawaniu gatunków stała się panująca wśród biologów mania wdawania się w spekulacje, których słuszności nie da się sprawdzić. (…) Powodzeniu darwinizmu towarzyszył zanik rzetelności naukowej (….) Sytuacja, w której uczeni sprzymierzają się po to, aby stawać w obronie doktryny, której nie są w stanie naukowo zdefiniować ani z naukową dokładnością przedstawić i której wiarogodność w opinii publicznej starają się podtrzymywać tłumieniem krytyki oraz przemilczaniem trudności, jest w nauce czymś nienormalnym i niepożądanym.”