Czy istnieje uniwersalne drzewo Darwina - filogenetyczne?

„Koncept drzewa filogenetycznego był absolutnie centralny w myśleniu Darwina, równie ważny jak dobór naturalny” – stwierdza New Scientist, cytując Forda Doolittle z kanadyjskiego Dalhousie University. Bez tego drzewa teoria ewolucji nigdy by nie powstała. Darwin skutecznie argumentował, że drzewo filogenetyczne jest faktem przyrodniczym, dla wszystkich jasnym do zauważenia, choć wymagającym wyjaśnienia. Wyjaśnienie, które on zaproponował to ewolucja poprzez dobór naturalny.

Od czasu Darwina drzewo filogenetyczne było podstawową zasadą rozumienia historii życia na Ziemi. Zgodnie z tą wizją, najpierw pojawił się ostatni uniwersalny przodek (LUCA) wszystkich żywych form, i to z niego wyrósł pień drzewa filogenetycznego. Z tego pnia zaczęły z kolei kiełkować kolejne głęzie, by ostatecznie utworzyć wielkie rozgałęzione drzewo. Każda gałązka reprezentowała osobny gatunek. Punkt rozgałęzienia się to miejsce, gdzie z jednego gatunku wyewoluowały dwa. Większość gałęzi ostatecznie wyginęła, kiedy organizmy przez nie reprezentowane wymarły, ale niektóre przetrwały do dziś – to te najwyżej sięgające gałęzie na drzewie filogenetycznym.

Przez ostatnie 150 lat – ciągnie dalej New Scientist – biologia ewolucyjna była przekonana, że jej głównym zajęciem było uzupełnianie drzewa filogenetycznego kolejnymi szczegółami. „Przez długi okres czasu świętym Graalem była budowa drzewa filogenetycznego” – stwierdził Eric Bapteste, biolog ewolucyjny z Uniwersytetu Pierre i Marie Curie w Paryżu. „Kilka lat temu wyglądało na to, że święty Graal był tuż, tuż, w zasięgu ręki. Jednak dziś cały ten projekt legł w gruzach, roztrzaskany w drzazgi przez potężne negatywne świadectwo. Obecnie wielu biologów argumentuje, że cały koncept drzewa filogenetycznego to starzyzna, po której trzeba posprzątać”. Bapteste lekko dodaje: „Nie mamy żadnych dowodów, że całe to drzewo filogenetyczne istnieje”.

https://www.nature.com/articles/s41598-018-37768-0

https://www.salon24.pl/u/adaptacjeslawekp/1133074,narzad-ruchu-bakterii-mykoplazmy-mobile

https://www.salon24.pl/u/adaptacjeslawekp/1137764,helikazy-dna-u-bakterii-archeonow-i-eukariotow-sa-nie-homologiczne

https://www.salon24.pl/u/adaptacjeslawekp/1137734,dziedziczenie-epigenetyczne-u-archea-i-o-nabywaniu-lekoopornosci

https://creationism.org.pl/Members/miepaj/moje/NaP/pozn/PJerlstrom

[.....]

https://sandwalk.blogspot.com/2013/02/craig-ventor-discusses-tree-of-life.html

https://www.nationalgeographic.com/science/article/glimpses-of-the-fourth-domain

Największym projektem mającym na celu ustalenie pokrewieństw filogenetycznych, jaki do tejpory zrealizowano było przeprowadzenie sekwencji 48 kompletnych genomów przedstawicieli podstawowych grup ptaków. Przy zaangażowaniu masy fachowców oraz najsilniejszych komputerów na całym świecie, szukano powiązań filogenetycznych między nimi. Jaki jest efekt?

Po pierwsze rozpadło się ewolucyjne drzewo rodowe ptaków zbudowane na podstawie podobieństwanatomicznych. Po drugie idąc śladem odnośników z tego streszczenia traficie na różne artykuły dotyczące wyników tych badań:

https://phys.org/news/2014-12-lsu-modern-genomic-analysishistoric.html

https://www.sciencedaily.com/releases/2008/06/080626141117.htm

„(Swiat Nauki 2008,NR;8,STR;20) Według badań genetycznych wyprowadzono wniosek, iż najbliższymi krewnymi wróblowatych są papugi,te mają najbliżej do sokołów. Jak sugeruje artykuł rozpada się rząd szponiastych, ponieważ jastrzębie orły i sępy, sowy i czepigi są krewnymi dudków,żołn, zimorodków, dzięciołów, miodowodów i dzioborożców. Lelkom bliskie są rzekomo jeżyki i kolibry. Flamingi nie będą zaliczane razem z bocianami, czaplami i ibisami do brodzących i stworzą osobną grupę z perkozami, które „rozwiedziono” właśnie z nurami. Do tej grupy dołączą ponadto wężówki, kormorany, głuptaki, pelikany. Pelikany uplasowały się w jednej podgrupie z albatrosamii w tym momencie nazwa brodzące traci sens. U żurawiowatych pozostaną żurawie,łyski i dropie idołączą kukułki (!). Madagaskarniki dołączą do gołębi, słonecznica do lelków,a dropiopodobne karami w okolice sokołów….”

Np. neurobiolodzy analizujący genetykę mózgów rożnych ptaków doszli do wniosku, że wiele rodzajów śpiewu u ptaków należących do tego samego rzędu wróblowatych, mimo dużych podobieństw anatomicznych wyewoluowało niezależnie, a nie w wyniku preadaptacji poprzednich struktur mózgowych i różnicowania, tylko za każdym razem od zera! – w takim przypadku mówi się o konwergencji/ ewolucji zbieżnej. Mało tego. Zestawy i struktura oraz organizacja genów, które kodują te podobne rodzaje śpiewów, u tych różnych gatunków, są prawie takie same lub bardzo podobne. Darwiniści już od dawna mają problemy z wyjaśnieniem czegoś, co określają głęboką homologią:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5182409/

Darwiniści przyznają, że zakładane przez nich miliony lat ewolucji zatarły ślady homologi i teraz ciężko je odróżnić od analogii. Z czasem, gdy zaczęto rozwijać coraz skuteczniejsze metody sekwencjonowania genomów i narzędzia umożliwiające identyfikacje genów odpowiedzialnych za morfogenezę poszczególnych narządów u organizmów wielokomórkowych, zauważono że organy wcześniej interpretowane, jako homologiczne są kodowane przez niehomologiczne zestawy genów.Np. oko ośmiornicy i oko człowieka są podobnymi organami. Jednak kręgowce mają odwróconą siatkówkę a głowonogi nie. Więc należało założyć, że oba organy wyewoluowały niezależnie. Z czasem się okazało, że różnice leżą również na poziomie genów.

Wracając do tematu porównań genomów różnych grup ptaków, przypomnę że powyżej zwróciłemuwagę na podobieństwa strukturalne zestawów genów kodujących podobne rodzaje śpiewu uróżnych gatunków w obrębie rzędu wróblowatych, które powstały niezależnie. Okazuje się że ludzie dzielą z ptakami dziesiątki genów, które są odpowiedzialne u ptaków za śpiew natomiast u ludzi za rozwój i naukę mowy:

https://www.newscientist.com/article/dn26694-humans-and-birdsshare-the-same-singing-genes/

Podobieństwa są tak duże, że uczeni mają nadzieję, że ptaki staną się standardowymi modelami podczas badań nad zaburzeniami mowy u ludzi. Podobieństwa te nie są powierzchowne. Ptaki posiadają niemal identyczne obwody w mózgach, które są odpowiedzialne za naukę śpiewu, jak i samo śpiewanie, co te w ludzkich mózgach odpowiadające za naukę i artykulację mowy.Naukowcy porównali mapy aktywności genetycznej (transkryptomy) zięb, papug i kolibrów, czyli z trzech grup ptaków uczących się różnych głosów. Następnie porównano te mapy z mapami ekspresji genów u ptaków i naczelnych, które nie uczą się dźwięków tak, jak one oraz sześciu ludzi.Ich wyniki pokazały, że wcześniej zidentyfikowany u wielu różnych gatunków uczących się komunikacji dźwiękowej lub nie – gen FOXP2 jest tylko jednym z 55 genów, które wykazują podobny wzór aktywności w mózgach ludzi i ptaków uczących się dźwięków. Te same geny przejawiają zupełnie inne wzory ekspresji i funkcje u gatunków nie uczących się głosu – nie są togeny identyczne. Są dopasowane do zestawów innych genów za pośrednictwem różnych modyfikacji.

Mimo ukucia przez darwinistów pojęcia „głęboka homologia” i zapewniania, że w miarę badańzjawisko to pozwoli tworzyć dokładniejsze drzewa filogenetyczne, tak naprawdę istnienie tego zjawiska jest nieprzebytym problemem dla neodarwinizmu. Powód jest taki, jak zawsze: brak szczegółowego wyjaśnienia. Darwiniści twierdzą, że ewolucja dobierała sobie różne geny, tworząc z nich niezależnie odmienne moduły kodujące niemal identyczne organy. Czasami rzekomo łączyła większe moduły w jeszcze większe i tak ich zdaniem powstała głęboka homologia. Nie prezentują szczegółowych modeli stopniowej ewolucji, która rzekomo do tego doprowadzała mnóstwo razy w historii naszej planety. Ograniczają się do bardzo ogólnikowych zapewnień, a jak piszą na ten temat tasiemcowe artykuły, to przeważnie koncentrują się na opisywaniu podobieństw wynikających ich zdaniem z głębokiej homologii, a nie mechanizmów, które do niej doprowadziły. Innymi słowy opisują funkcje a nie jej genezę.Według założeń filogenetyków wspólny, ewolucyjny przodek wróblowatych, papug, kolibrów i ludzi żył około 310 000 000 lat temu, a więc wobec ich przekonania był to płaz lub wczesny gad.Ostatni wspólny przodek ptaków nowoczesnych rzekomo żył jakieś 40 000 000 lat temu (oszacowania są różne). Według nowych oszacowań genomików wróblowate i papugi są bliżej spokrewnione niż myślano.

Jednak nie wszystkie wróblowate to ptaki śpiewające. Przyjmuje się podział wróblowych na dwa podrzędy: pierwo-wróblowce (Suboscines syn. Tyranni) – o unikatowej budowie krtani oraz śpiewające (Oscines syn. Passeri) – o krtani lekko umięśnionej. Innymisłowy zestawy genów odpowiedzialne u ptaków za śpiew a u ludzi za mowę, chociaż są tak bardzo podobne powstały niezależnie. Genów na śpiewanie nie mógł też posiadać ewolucyjny wspólny przodek rzędu wróblowatych. Jak więc i dlaczego się to stało, że rzekomi ewolucyjni przodkowie podrzędu Oscines syn. Passeri dobierali podobne zestawy genów odpowiedzialne za śpiew spośród genów pełniących różne funkcje Darwiniści nie mają pojęcia. Pozwolę sobie przypomnieć, że w samym obrębie tego podrzędu miało się to stać kilka razy niezależnie! Miejmy też w pamięci papugi u których rzekomo niezależnie od wróblowatych i ludzi wyewoluowały bardzo podobne jaku tych gatunków zestawy genów odpowiedzialne za uczenie się dźwięków.Brak homologii przy istnieniu podobnych struktur u różnych gatunków jest wyraźnie widoczny na różnych poziomach organizacji biologicznej. Kto z nas nie czytał w literaturze podręcznikowej, lub nie słyszał w internetowych dyskusjach o tym jak istotną dziedziną badań dla neodarwinizmu jest embriologia. Rzekome podobieństwa pomiędzy embrionami poszczególnych gromad kręgowców miało świadczyć o ich wspólnym ewolucyjnym pochodzeniu.

https://www.salon24.pl/u/adaptacjeslawekp/1117671,hipoteza-rekapitulacji-mistyfikacja-ernsta-haeckla

Ręka do góry kto nie słyszał że embrion ludzki w pewnym stadium posiada bruzdę podobną do “skrzeli”, czy ogon. Dwóch uczonych sceptycznych wobec neodarwinizmu , P. Nelson i J. Wells [20] , wskazuje że taki obraz jest najzwyklejszym uproszczeniem. Embriony nie są wcale podobne we wczesnych stadiach.

Początkowy rozwój embrionalny można podzielić na trzy etapy:

1. Podział jaja na komórki. Każda grupa kręgowców ma własny wzorzec podziału, znacznie różniący się od innych. Na etapie dzielenia się ustala się podstawowy kierunek ciała (od przodu do tyłu).

2. Faza gastruli – podczas której konstruuje się podstawowy plan budowy ciała. W czasie gastrulacji komórki zaczynają różnicować się w odpowiedniego rodzaju tkanki. Odbywa się to na różne sposoby u różnych gatunków zwierząt.

3. Etap farynguli – w przeciwieństwie do dwóch pierwszych etapów faza farynguli cechuje się podobieństwem embrionów ryb, gadów, ssaków, ptaków, wszystkie one wyglądają jak malutkie rybki. Nie da się nie zauważyć że dojście do tego etapu odbywa się poprzez rozmaite, odmienne ścieżki. Wszystkie embriony mają maleńkie bruzdy w okolicy gardła, przypominające skrzela. Jednak tylko u ryb zamieniają się one w prawdziwe skrzela , natomiast u pozostałych grup kręgowców tworzą się z nich gruczoł tarczowe oraz ucho wewnętrzne.

Homologii brakuje wszędzie tam, gdzie jest bardzo wskazana. Np. okazało się, że błony bębenkowe (słuchowe) u gadów, ptaków i ssaków są niehomologiczne, a przecież zakłada się, że organizmy te pochodzą od wspólnego przodka u którego po raz pierwszy wyewoluowało ucho:

http://www.sciguru.org/newsitem/18946/eardrum-evolved-independently-mammals-reptiles-andbirds

Naukowcy z Laboratorium Morfologii Ewolucyjnej RIKEN i Uniwersytetu Tokijskiego w Japonii ustalili, że błona bębenkowa wyewoluowała niezależnie u ssaków i diapsydów — grupy taksonomicznej obejmującej gady i ptaki. Opublikowana w Nature Communications praca pokazuje, że błona bębenkowa ssaków zależy od formowania się żuchwy, podczas gdy diapsydy rozwijają tą strukturę z górnej szczęki. Co istotne, naukowcy wykorzystali techniki zapożyczone z biologii rozwoju, aby odpowiedzieć na pytanie, które od lat intryguje paleontologów

Dopiero potem drogi ewolucyjne gadów z jedną kością w uchu i gado-ssaków u których elementy szczęki stały się kolejnymi kośćmi w uchu miały się rozejść. Te pierwsze dały rzekomo początek przodkom współczesnych gadów i dinozaurów a te ptakom, drugie ssakom. Można by dużo jeszcze na ten temat pisać, ale moim celem nie jest napisanie całej książki, tylko artykułu. Wróćmy do ptaków. 20 lat temu, kiedy zadawałem różnym biologom pytanie, jak to możliwe żeby niezależnie wyewoluowały te same rodzaje zestawów genów, które wiodą do powstania podobnych fenotypów, odpowiedzieli że ja nie rozumiem, jak działa ewolucja! Że nie jest tak że powstają te same, lub podobne zestawy genów, tylko rożne zestawy genów determinują podobne fenotypy – ewolucja różnymi drogami dochodzi do tych samych efektów i dlatego jest taka prawdopodobna, zapewniali! Żeby wesprzeć ten wniosek powoływali się na istnienie białek, które mimo różnej sekwencji aminokwasów przybierają taką samą, lub podobną konformację, choć po dziś dzień zdania na temat tego zjawiska są podzielone wśród biologów ewolucyjnych. Opracowuje się coraz bardziej zaawansowane algorytmy w celu odróżniania postulowanych sekwencji homologicznych od analogicznych i w miarę zagłębiania się w tą dziedzinę badań pojawia się więcej pytań niż odpowiedzi:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22244085

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC390546/

Należy podkreślić, że filogenetyka molekularna oparta na genomice nie tylko falsyfikuje zasadność struktury darwinowskiego drzewa życia opartego na porównaniach anatomicznych, ale również wcześniejsze ustalenia filogenetyków molekularnych na podstawie porównywania krótszych sekwencji DNA. Nagle okazały się mało wiarygodne! Dlatego też wielkie uniwersalne drzewo filogenetyczne, drzewo definiujące pokrewieństwa wszystkich organizmów, idzie na podpałkę. Zwaliło się łamane sprzecznościami i niekonsekwencjami, ścięte bezwzględną piłą negatywnej argumentacji. I pomyśleć, że wmawiano nam, że jego istnienie jest dowiedzione równie dobrze, jak teoria grawitacji. Ogłoszenia tej nowiny podjął się „New Scientist”.